Dibantu Prof. Wirjono Prodjodikoro, Nasution dibebani tugas untuk membawa kasus-kasus korupsi ke pengadilan. Nasution menyebutkan Operasi Budhi berhasil menyelamatkan 11 miliar rupiah uang negara, suatu jumlah yang sangat besar untuk ukuran saat itu. Temuan Operasi Budhi dikategorikan menjadi temuan pidana dan temuan administratif. Temuan pidana akan disampaikan ke aparat penegak hukum, sedangkan temuan administratif ditindaklanjuti dengan memberikan bukti dan saran kepada pemerintahy untuk membenahinya. Tercatat ada sekitar 49 perusahaan yang diselidiki lewat Operasi Budhi.
Kelompok PKI berusaha meyakinkan Presiden Soekarno untuk membubarkan Operasi Budhi. Ditambahkan lahir friksi di Angkatan Darat, salah satu berkaitan dengan kekhawatiran operasi Budhi akan sampai ke para petinggi militer. Akhirnya, Paran generasi kedua ini resmi dibubarkan melalui Keppres No. 117 Tahun 1965 tentang Pembubaran Panitia Retooling Aparatur Negara.
Kontrar
Melalui Keppres No. 98 Tahun 1964, Presiden Soekarno membentuk Komando Tertinggi Retooling Alat Revolusi (Kontrar). Dilihat dari waktu pembentukannya, Kontrar sudah dibentuk sebelum Paran II resmi dibubarkan pada Mei 1964. Lembaga baru ini juga berperan sebagai lembaga antikorupsi meskipun tidak ada disebutkan dalam pembentukannya. Tetapi jika dibaca secara saksama dalam Keppres pembubaran Paran II, maka dapat diketahui semua tugas-tugas Paran II yang belum selesai ditangani oleh Kontrar. Dengan kata lain, Kontrar juga bertugas memberantas korupsi.
Menariknya, Presiden Soekarno menunjuk dirinya sendiri sebagai Ketua Kontrar. Ia dibantu oleh Soebandrio, Ahmad Yani, dan Wiriadinata. Langkah ini sejalan dengan pandangan bahwa Paran telah melewati prestise tugas-tugas presiden. Denny Indrayana berpendapat bahwa penjabaran tugas yang tidak jelas, turut andil pada mandulnya Kontrar dalam tugas pemberantasan korupsi. Komando ini lebih digunakan untuk menyingkirkan pejabat yang tidak sejalan dengan pemerintahan revolusioner.