Menurut Yudi, reformasi birokrasi di Kejaksaan memang masih terkendala sejumlah faktor. Salah satu faktor itu, Kejaksaan kini masih didominasi orang-orang yang terlena dengan kultur Kejaksaan yang birokratik, sentralistik, hirarkis dan sistem komando. Kultur ini, kata dia, adalah implikasi dari doktrin “Kejaksaan itu Satu” (een en ondeelbaar).
“Kita mau mereformasi diri sendiri itu sama dengan memotong tubuh sendiri. Kalau berani sebenarnya mengangkat pola pikir (alm) Daniel S.Lev (pemerhati hukum,red) bahwa harus potong generasi, itu dari sisi SDM. Lalu dari sisi sistem itu harus ada perubahan yang mendasar,” ujar Yudi.
Yudi berpendapat Kejaksaan harus mengidentifikasi individu-individu yang memiliki visi sama dalam pemberantasan korupsi. Dia yakin, masih banyak individu yang idealis di Kejaksaan. Setelah diidentifikasi, individu-individu tersebut ditempatkan di posisi-posisi penting agar reformasi birokrasi di Kejaksaan dapat berjalan sukses.
“Pucuk-pucuk pimpinan di Kejaksaan itu ada berapa? Satu Jaksa Agung, satu Wakil Jaksa Agung, JAM-JAM (Jaksa Agung Muda) ada enam, lalu Kajati di seluruh Indonesia 33 orang. Kira cukup 42 orang itu. Kalau pingin benar-benar semua nafas baru, spirit baru itu apa tidak kita temukan?” ujar Yudi optimis.
Meskipun melontarkan kritik, Yudi menegaskan dirinya masih mencintai Kejaksaan. Sebagai buktinya, Yudi masih rela sesekali mengajar di Diklat Kejagung. Selain di Diklat Kejagung, Yudi juga mengajar di sebuah universitas di Solo, Jawa Tengah. Honor dari kegiatan mengajar itu tidak diambil Yudi. Alasannya, dia menilai honor itu termasuk kategori gratifikasi. Lagipula, Yudi mengatakan motivasinya mengajar hanyalah pengabdian.
Kini, Yudi merasa kerasan bertugas di KPK. Selain karena minatnya terhadap penanganan kasus korupsi tersalurkan, Yudi juga merasa sekaligus berharap di KPK tidak ada intervensi seperti pengalaman pahitnya dahulu. “Dan nampaknya ini adalah tempat saya yang paling ideal untuk bisa berperan lebih,” pungkasnya.